突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“

大雄相信天空上有云之国，遭到好友们的嘲笑。哆啦A梦用未来的神奇工具和大雄共同打造属于自己的云之国，建好之后，好友们被邀请上来，大家度过一段快乐的时光。